Amennyiben az adózó nem tesz eleget a szokásos piaci ár meghatározásával összefüggő nyilvántartási, illetve a nyilvántartással összefüggő iratmegőrzési kötelezettségnek, úgy mulasztási bírsággal sújtható. A maximálisan kiszabható bírság összege 2 millió forintra emelkedett, ami szerződésenként és ellenőrzésenként szabható ki. Amennyiben az adózó nem tudja a dokumentációt az adóhatóság kérésére bemutatni, mert azt nem, illetve nem megfelelő tartalommal készítette el, úgy az adóhatóság állapíthatja meg az alkalmazandó transzferárat, és ezzel a bizonyítás terhét az adózóra hárítja.
Ha az adózó nem rendelkezik dokumentációval, úgy az adóhatóság egy határidőt szabhat meg a dokumentáció elkészítésére. Amennyiben a dokumentáció az így kijelölt határidőre sem készül el, a mulasztási bírság ismételten kivethető. Az adóhatóság által végrehajtott esetleges transzferár-kiigazítások esetén az ilyen tranzakciók megfelelő és időben elkészített nyilvántartása az adózó jóhiszeműségét igazolja. Jóhiszeműség esetén az alkalmazott bírság mértéke csökkenthető.
A transzferár-kiigazítások eredményeként (feltéve, hogy azok az adóhatóság javára szólnak), növekedhet az adókötelezettség mértéke, a felmerülő adóhiány összegét 50%-os adóbírság terhelheti. Emellett a jegybanki alapkamat kétszeresének megfelelő mértékű késedelmi pótlék is kiszabható. A kettős adóztatás kockázata merülhet fel akkor, ha a megfelelő kiigazításokat a másik fél adóhatósága nem fogadja el. Ezek a kockázatok - az elévülési időn belül lévő - minden transzferár-szabályozás hatálya alá eső tranzakció kapcsán felmerülhetnek.
A transzferár-nyilvántartás elkészítése mellett fontos a kapcsolt vállalkozások adóhatóság felé történő bejelentése is, hiszen ha az adózó elmulasztja bejelenteni kapcsolt vállalkozásának adatait az adóhatóság felé a kapcsolt vállalkozással történő szerződéskötést követő 15 napon belül, akkor 500 ezer forintos mulasztási bírság szabható ki.
